Trong tiêu đề ngắn gọn như mọi tiêu đề khác, cuốn "Nguồn gốc các loài" có thể gây ra sự hiểu nhầm cho những người đọc đương đại. Tiêu đề của cuốn sách sẽ chính xác hơn, mặc dù có thể là kém hấp dẫn hơn, nếu được đặt theo tên tác phẩm khổng lồ đang còn dang dở trên bàn giấy mà đã được tóm tắt một cách khá vội vàng: Sự lựa chọn của thiên nhiên. Bởi vì cuốn sách Nguồn gốc các loài là sự giả thích của Darwin về lý thuyết lựa chọn tự nhiên của ông. Tư tưởng chủ đạo của lý thuyết này là không một loài nào có thể không bao giờ thay đổi; tất cả mọi thứ đều tiến hóa, và vẫn tiếp tục tiến hóa trong suốt quá trình một thời gian rất dài. Lý thuyết này thách thức quan điểm thống trị của những người theo chủ nghĩa sáng tạo luận về các loài là được tạo ra một cách đặc biệt và tách biệt bởi ý muốn của Chúa trời; Tự nhiên, đối với Darwin, là một thể liên tục, làm nền tảng cho một sự phỏng đoán rằng: "Các con vật có nguồn gốc từ nhiều nhất chỉ bốn hoặc năm đời và đối với các loài thực vật, con số này chỉ bằng hoặc kém hơn" hoặc là thậm chí - mặc dù nhà tiến hóa học đặt cược ở đây - là: "có khả năng tất cả các loài hữu cơ đã từng sống trên trái đất này là con cháu của một loài nguyên thủy mà chính nó sự sống đã được thổi vào".

Cuốn sách có ý nghĩa thực tiễn lớn nhất khi xem xét mối quan hệ qua lại, sự phụ thuộc lẫn nhau là đặc trưng cơ bản của những hệ sinh thái đa dạng. Chúng ta nên nhớ rằng những kiến thức cơ bản về hệ sinh thái trong cuốn sách này mà Darwin đã thu thập được trong chyến đi thám hiểm trên con tàu Beagle, nằm trong phạm vi của ngành địa lý sinh vật, cuộc nghiên cứu về sự phân chia không gian sinh tồn của các hình thái sống[8]. Như Darwin giải thích trong lời mờ đầu của cuốn Nguồn gốc các loài, ông cảm thấy rất khó hiểu và bị ảm ảnh bởi "một vài thực tế nhất định trong sự phân chia nơi cư ngụ ở Nam Mỹ" trong suốt cuộc hành trình. Chưomg XI và XII giải quyết chi tiết vấn đề này. Những sinh vật biển sống ở bờ biển phía đông và tây vùng Nam và Trung Mỹ hầu như hoàn toàn bị tuyệt chùng, mặc dùng chúng chỉ bị ngăn cách bởi một eo đất hẹp của kênh đào Panama; trong khi đó, những loài thực vật sổng trên các đinh núi châu Mỹ và châu âu lại có thể hoàn toàn giống nhau. Lời giải thích cho một vài hiện tượng kỳ lạ như vậy dường như không hề dễ dàng: Một mặt, có sự khác biệt rất lớn giữa các loài sổng trong những khu vực địa lý, khí hậu tương tự nhau, và mặt khác lại có sự tương đồng giữa các loài sống trên lục địa khác nhau.

Một điều rất đáng được chú ý trong cuốn Nguồn gốc các loài liên quan đến động vật giống người. Người đọc sẽ không thể tìm thấy một suy đoán nào về loài khi là tổ tiên của chúng ta; người đầu tiên cần được nhắc tới khi nói đến sự mờ rộng cuộc tranh luận về chủ đề gây nhiều tranh cãi kiểu này chính là ông T.H. Huxley, bạn đồng nghiệp và cũng là một người hoàn toàn tin vào Chúa trời của Darwin. Darwin đã đoán trước được một "cuộc cách mạng lớn" trong lịch sử tự nhiên sau khi cuốn sách này của ông được xuất bản, với một sự chấc chắn người đọc sẽ nhận ra đâu đó trong toàn bộ tác phẩm, và việc "nguồn gốc của loài người sẽ được làm sáng tỏ" vẫn chỉ là nguồn tham khảo trực tiếp đến nhân loại. Và lại một lần nữa, điều này rất hiếm khi cần tới: sự phản đối của công luận ngay lập tức nổi lên khi cuốn Nguồn gốc các loài chứng minh là cuộc tranh cãi với chủ đề tiến hóa lúc nào cũng là cuộc tranh luận về nguồn gốc loài người. Công trình nghiên cứu mới đây - của nhà lịch sử Alfred w. Crosby cũng đề cập đến nhận thức sâu sắc của Darwin về thế giới tự nhiên trong suốt chuyến hành trình trên con tàu Beagle có thể không thể tách rời khỏi sự nhận thức về can thiệp con người[10]. Luận đề của ông Crosby là chủ nghĩa đế quốc châu âu ở thế kỷ 19 mang nặng khía cạnh sinh học cũng như chính trị, kinh tế và văn hóa; quá trình thực dân hóa liên quan đến, dù là ngẫu nhiên hay cố ý, sự nhập khẩu quần thể động thực vật từ Lục địa già sang Lục địa trẻ. Những dạng động thực vật loại này luôn luôn thắng thế trước những cây cỏ, con thú cạnh tranh bản địa, làm thay đổi những người bị thực dân hóa thành hình ảnh của những người thực dân hóa, và nhờ đó giúp cho sự cai quản thuộc địa dễ dàng hơn. Darwin viết trong cuốn Nguồn gốc các loài "Khi xem xét tốc độ khủng khiếp mà hàng hóa châu âu tràn ngập khắp Niu-di-lân và có mặt tại hầu hết các nước có người cư trú, thì chúng ta có lẽ sẽ tin rằng nếu tất cả các loại động thực vật của Đe chế Anh được mang tới Niu-di-lân, theo thời gian một số lượng khổng lồ các dạng sống của Anh có thể trở nên hoàn toàn quen thuộc với nơi này, và có thể sẽ xóa sổ rất nhiều loài bản địa".